O andebol jogado a onze jogadores iniciou-se a 5 de outubro de 1932, modalidade que viria a ser extinta em 1974–75. Contudo, a modalidade jogada a sete jogadores foi continuada e ainda é hoje jogada no clube.

 

O primeiro título da liga surgiu em 1953–54. Em 2012–13, o FC Porto sagra-se pela primeira vez na sua história pentacampeão nacional, ao bater o Benfica na última jornada do campeonato.

 

No início da época 2013–14, a equipa apurou-se pela primeira vez na sua história à Liga dos Campeões da EHF, ao eliminar a equipa romena do Constata na fase de qualificação.